1．探索中国近岸海海域有害藻华物种多样性

   我国有害藻华物种藻种库的建立

  我国有害藻华物种分子标记数据库构建

  我国近岸海域有害藻华物种的生物多样性分析及环境适应性和多样性格局

  中国近海藻华物种的地理分布以及时空动态变化研究

2．探索有害藻华暴发规律和机理及预测和防控

  典型有害藻华物种参考基因组的构建

  典型有害藻华物种细胞器基因组的比较基因组研究

  利用宏基因组学和宏转录组学技术研究藻华物种演替规律和机制

  探索有害藻华暴发过程中环境因子的作用

  近海海洋生态环境健康评价

  探索有害藻华暴发的预测和防控

  开发用于跟踪有害藻华物种的高效分子标记

  开发用于近海海域，特别是养殖海域的有害藻华暴发防控预警技术 

3. 有害藻华生态学

有害藻华藻类生活史转换（有性无性、孢囊形成、休眠和萌发）及其分子生物学基础

甲藻的混合营养及其遗传学基础

    有害藻华的生态毒理学、化学互感作用和生态效应

    休眠孢囊的历史地理分布和原位萌发动力学研究

    船舶压舱泥中甲藻孢囊检测及其技术研发

    有害藻华藻类与其藻际微生物群落的相互作用

   中国海域甲藻和有害微藻物种多样性鉴定技术和分类学研究 

4. 棘皮动物基因组比较和系统演化分析

5. 基因工程技术应用