实验室实施严格考核、绩效挂钩的激励机制。建立有利于充分发挥科研人员积极性、鼓励出高水平成果，对实验室全体人员实行岗位津贴、绩效奖励、季度和年度奖励、高水平论文（SCI）和公开发明专利专项奖励、研究生专项奖励等多种奖励措施。根据岗位的不同和科技人员在研究成果、论文、专利、科技奖励、培养人才和科研管理等方面的工作业绩，每年进行全体在岗人员的年度考核。根据每个人的考核结果，决定是否继续聘任和绩效津贴的标准。岗位津贴、绩效津贴的标准和实施由中国科学院海洋所根据《中国科学院海洋研究所创新工程试点岗位津贴规定》和《中国科学院海洋研究所创新工程试点岗位绩效津贴规定》评定对未达到岗位目标或考核标准的人员，在合同期内采取督促、警告、降低或停发各项奖励、取消知识创新工程经费的方法进行及时处理。在合同期结束后，按照合同制管理的有关规定决定去留。