实验室以海洋生态系统关键过程及其资源、环境效应为主线，围绕三个主要研究方向开展基础性、战略性和应用性研究：    

一、海洋生态安全保障理论与技术应用，主要包括：    

    海洋甲藻与生物健康

    近海富营养化与藻华防控

    有害藻华与海洋生态安全     

二、海洋生态系统演变过程与调控机理，主要包括：    

　　海洋浮游生物与生态系统健康

    海洋生源物质循环与碳汇过程

    海洋环境组学与演化生态学

    极地生态过程与资源效应  

三、海洋生境保护与资源开发利用，主要包括：    　　

    海洋牧场构建原理与工程技术

    海洋资源生物多样性与演化

    海洋渔业资源生态学