深海中心从海洋系统的角度，强调地学与生物学的耦合研究，强调极端环境对生物的制约以及特殊生命过程对极端环境的适应，强调科学目标引领下的技术研发，注重科学与技术的融合，以建成国际一流的深海研究数据平台、深海样品库和基因资源库为目标。