利用形态学、分子生物学等多学科的综合手段，研究海洋鱼类物种多样性的格局、形成和演化，重建鱼类的系统发育，探讨物种分化模式、过程和机制。以基础理论研究为主，面向国家战略需求，为海洋生物多样性保护和可持续利用提供理论指导。主要研究内容：（1）海洋鱼类分类、区系和生物地理学，开展中国沿海及邻近海域的鱼类区系调查和分析，在动物志编研的基础上，进行分类学修订和专著性研究；采用生物地理学的理论和方法，并综合形态学、地理学、古生物学和分子生物学等方面的证据，研究鱼类重要类群的地理分布格局和形成过程，探讨鱼类生物多样性的起源和演化规律。（2）进化发育和进化基因组学，通过研究鱼类个体发育中关键器官和结构的发生和发育过程，揭示关键性状的同源性和进化机制，阐明鱼类形态进化的发育和遗传机理；运用基因组学的原理和方法，结合生物信息学手段，研究鱼类基因组的结构、功能及其进化规律，从染色体和基因组水平阐明鱼类适应进化机制。
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