(1) 中国科学院B类战略性先导科技专项，深海生物多样性地理格局及源汇机制(XDB42030300)，2020/01-2024/12，790万元，在研，课题负责人。

(2) 中国科学院国际合作局国际伙伴计划计划，中国-巴拿马热带海藻开发及生物资源可持续利用与多样性保护研究(E02511102L)，2020/01-2022/12，150万元，在研，子课题负责人。

(3) 国家自然科学基金面上项目，印度-西太平洋鲳属鱼类系统分类与起源演化研究(31872195)，2019/01-2022/12，61万元，在研，主持。

(4) 中国科学院战略生物资源服务网络计划生物多样性保护策略，外来物种眼斑拟石首鱼入侵生物学基础和分子适应机制及防治策略研究(ZSSD-019)，2017/01-2019/12，50万元，在研，主持。

(5) 国家自然科学基金面上项目，中国鲷总科鱼类系统发育及生物地理学研究(41276166)，2013/01-2016/12，80万元，已结题，主持。

(6) 国家自然科学基金面上项目，中国沿海鲳亚目鱼类分类和系统发育研究(31170532)，2012/01-2015/12，60万元，已结题，主持。

(7) 国家自然科学基金国际（地区）合作交流项目，黄、东海渔业生物多样性之格局与动态(31061160187)，2010/06-2013/06，120万元，已结题，子课题负责人。

(8) 国家自然科学基金面上项目，中国鲹科鱼类分类系统和动物地理学研究(30970317)，2010/01-2010/12，8万元，已结题，主持。

(9) 科技部科技基础性工作专项，海南岛及西沙群岛海岸带生物资源考察(2006FY110500-4)，2006/12-2011/11，200万元，已结题，参加。

(10)  国家自然科学基金面上项目，基于线粒体基因组全序列鲈形目鱼类系统发育研究(40676085)，2007/01-2009/12，34万元，已结题，参加。

(11)  国家自然科学基金面上项目，中国鳚亚目鱼类系统分类和动物地理学研究(30370185)，2004/01-2004/12，7万元，已结题，主持。