孔虫作为海洋环境的生物指示器，通过对其形态分类学与分子多样性等结合研究，从中国近海到深海对有孔虫区系多样性、环境指示种、生物地理分布等进行研究，为古海洋学和古环境演化研究提供基础资料。

方向二、有孔虫实验生态学：

 通过对活体有孔虫从个体和群落水平的培养、摄食、发育和繁殖等实验生态学研究，探究海水温度、盐度、酸化等对其生理生态响应和物种组成变化的影响，构建重要海水环境因子与有孔虫基础生物学特征和地化指标之间的指示关系，用于全球变化研究中的古海洋环境重建和现代海洋环境变化指示。

方向三、有孔虫分子进化与生物信息学：

 通过对底栖和浮游有孔虫的分子进化、分子系统学、高通量测序、沉积物DNA和RNA分析等技术，研究有孔虫生物地理分布、起源与进化、基因演化与环境关系。 

方向四、全球变化：

 综合利用有孔虫多样性、实验生态学、分子生物学以及微体古生物孢粉等研究技术，对大陆架边缘海和西太平洋深海的古环境演化和地质历史进行综合分析，揭示生物演化与环境适应性与海洋环境演化之间的耦联关系。