主持开展国家自然科学基金重点项目、科技部科技基础资源调查专项、中国科学院战略先导专项等40余项，部分如下：(1) 国家自然科学基金重点项目“西太平洋海沟洋脊交联区海山的生物多样性格局与连通性及驱动因素”，2019/10/31-2024/12/31，301万元。
(2) 科技基础资源调查专项“西太平洋典型海山生态系统科学调查”，2017/02-2021/01，1816万元。
(3) 中科院战略先导专项（A）课题“深海特殊生态系统信息集成与展示”，2018/1-2022/12，1813.99万元。
(4) 中科院战略先导专项A子课题“海山区生物区系及多样性特征”, 2013/11-2018/06，1055.96万元。
(5) 中科院战略先导专项（B）课题“深海生物多样性地理格局及源汇机制”，2020/1/1-2024/12/31，450万元。
(6) 科学号高端用户项目“深海大型生物原位智能识别与定量分析系统研发”，2019/6/1-2022/5/31，160万元。
(7) 国家自然科学基金（面上）“东海底栖纤毛虫多样性分布格局与驱动因素”，2018/10/22-2024/12/31，62万元。
(8) 国家自然科学基金“热带西北太平洋浮游纤毛虫多样性分布模式及主要控制因子研究”，2020/1/1-2023/12/31，62万元。
(9) 国家自然科学基金“热带西太平洋深海钙轴柳珊瑚系统发育与种群遗传结构研究”，2022/1/1-2025/12/31，58万元。
(10) 南麂列岛国家海洋自然保护区管理局项目“南麂列岛保护区潮下带底栖生物调查与评估”， 2022年1月‒2023年12月，153万元。
(11) 南麂列岛国家海洋自然保护区管理局项目“南麂列岛潮间带大型海洋生物识别系统研发”， 2022年5月‒2023年8月，100万元。
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