实验海洋生物学重点实验室仪器中心现有扫描电子显微镜、投射电子显微镜、核磁共振谱仪、分选型流式细胞仪、激光共聚焦显微镜、高压液相色谱系统、基因组测序仪、超薄切片机、超速离心机、基因光学图谱工作站等大型仪器设备20余台套，在此基础上组建了分子生物学实验室、核磁共振实验室、离心机室、显微镜及生物图像室以及蛋白组学和基因组学等技术平台。这些研究平台除了为重点实验室提供实验支撑和技术服务外，还面向所内外开放，最大限度发挥作用。通过大型仪器设备的资源共享，为研究所争取和完成国家973、863 项目、自然基金等重大科研项目提供有力技术支撑。大型仪器设备资源共享，开放使用，统一集中管理。每台大型仪器都制订了标准操作使用规程，并纳入质量管理体系。对大型仪器设备实行专职技术人员进行管理、运行和维修，现有5名专职技术人员。
仪器中心的主要任务是保障大型仪器高效运行；保证大型仪器的技术优良率，规范大型仪器运行；制定、贯彻、落实各实验室管理规则及各个大型仪器使用规则、实施细则和操作规程，并监督检查其执行情况；排除技术安全隐患；解决测试工作中的技术问题。仪器中心的目标是把大型仪器中心建设成为瞄准国际海洋科技前沿的具有国际先进水平的海洋科学技术研究共享平台，为本实验室以及海洋所知识创新提供技术支撑。
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