海洋生物学
刘瑞,副研究员。理学博士,研究方向为海洋微生物学,主要从事海洋微生物生命过程及活性物质的发掘和利用的研究,以海洋微生物为研究对象开展海洋环境条件(温度、光、氧气以及无机盐等)对微生物生命活动影响的研究,包括探究环境对微生物的生长状况、代谢途径、致病性以及活性物质产生等过程的调控机制。申请人主持科研项目4项(其中,国家自然科学基金青年基金1项),参与深海微生物相关科研项目3项;在Environmental Microbiology、Applied and Environmental Microbiology、Frontiers in Microbiology等微生物学领域专业杂志发表学术论文20余篇,其中第一作者11篇(SCI);授权发明专利9项;参与的研究获得了2017年海洋科学技术奖一等奖(第六完成人)。
一、研究领域  
(1)深海微生物菌种及基因资源发掘。
针对深海特殊重要难培养微生物类群,建立基于共培养、模拟培养、原位富集的培养技术,以及基于流式细胞术、微流控等的单细胞高通量分离技术,获得菌种资源;通过单细胞基因组扩增测序、元基因组深度测序及文库构建等手段获得难培养微生物的基因资源,建立高容量的深海微生物菌种及基因资源库。
(2)深海微生物特殊生命过程认知。
基于深海冷泉、热液、深渊等极端环境下的微生物,围绕深海微生物特殊能量代谢机制及耐受深海极端环境的生命特征,发现特殊生命现象,揭示相应生命过程和机制,为发掘新型活性物质的发掘提供物质和理论基础。
(3)深海微生物活性物质的发掘和利用。
建立深海微生物活性物质库,构建高通量筛选模型(抗病、抗肿瘤等活性),发掘有应用潜力的活性物质,揭示活性物质的生物合成及作用机制,发展人体医药、生物农药及环境保护相关生物制品。
二、招生专业及方向
海洋生物学,海洋生物天然产物及生物制品
三、研究室及联系方式 
中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室,联系方式:邮箱liurui@qdio.ac.cn、电话0532-82898648
四、承担的主要科研项目
1. 国家自然科学基金青年基金。2013.1-2016.12。
2. 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室青年科学基金。2018.12-2021.12。
3. “科学”号高端用户项目。2019.6-2020.5。
4. 青岛市应用基础研究计划项目。2019.8-2021.7。
五、研究成果及奖励 
(1)科研成果: 分离、鉴定了一株虾夷扇贝低温致病菌-灿烂弧菌Vibrio splendidus JZ6,发现了V. splendidus JZ6在低温条件下参与菌毛形成、密度感应系统激活、毒力因子合成以及蛋白分泌的相关基因均上调表达,发现了低温条件下调控金属蛋白酶Vsm毒性的关键分子,证明该分子在金属蛋白酶转录后修饰过程中起到重要作用,揭示了低温病原菌Vibrio splendidus JZ6的致病机制;从海洋芽孢杆菌Bacillus sp. 176分离获得一类新型环状脂肽分子,这类脂肽分子能够影响运动细菌的鞭毛功能,从而抑制细菌的运动能力和粘附能力;通过构建鞭毛Na+马达关键基因的缺失菌株,发现基因缺失菌株的运动能力显著降低,通过体外互作实验证实了该类脂肽分子能够与鞭毛的Na+马达蛋白MotX特异性结合并影响其功能,明确了新型脂肽分子抑制细菌鞭毛Na+马达的机制。发表学术论文10余篇,其中第一作者SCI论文7篇;授权发明专利1项;获得科研奖励1项。 
(2)承担项目:主持了包括国家自然科学基金青年项目、青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室青年科学基金、“科学”号高端用户项目、青岛市应用基础研究计划项目等在内的4项科研项目,总经费近80万元。
六、代表性论文及著作
1. Liu R, Zheng RK, Liu G, et al. (2020) The cyclic lipopeptides suppress the motility of Vibrio alginolyticus via targeting the Na+-driven flagellar motor component MotX. DOI: 10.1111/1462-2920.15144
2. Liu R, Cheng Q, Song X.R, et al. (2019). A vital ubiquitin-conjugating enzyme CgUbe2g1 participated in regulation of immune response of Pacific oyster Crassostrea gigas. Developmental and Comparative Immunology. DOI: 10.1016/j.dci.2018.10.014
3. Xiu P.Y#, Liu R#, Zhang D.C, et al. (2017). Pumilacidin-like lipopeptides derived from marine bacterium Bacillus sp. strain 176 suppress the motility of Vibrio alginolyticus. Appled and Environmental Microbiology. DOI: 10.1128/AEM.00450-17
4. Liu R, Cheng Q, Wang X.D, et al. (2017). The B-cell translocation gene 1 (CgBTG1) identified in oyster Crassostrea gigas exhibit multiple functions in immune response. Fish & Shellfish Immunology. DOI: 10.1016/j.fsi.2016.12.005
5. Liu R, Qiu L.M, Cheng Q, et al. (2016). Evidence for cleavage of the metalloprotease Vsm from Vibrio splendidus strain JZ6 by an M20 peptidase (PepT-like protein) at low temperature. Frontiers in Microbiology. DOI: 10.3389/fmicb.2016.01684
6. Liu R, Chen H, Zhang R, et al. (2016). Comparative transcriptome analysis of Vibrio splendidus JZ6 reveals the mechanism of its pathogenicity at low temperatures. Applied and Environmental Microbiology. DOI: 10.1128/AEM.03486-15
7. Zhang R#, Liu R#, Xin L.S, et al. (2016). A CgIFNLP receptor from Crassostrea gigas and its activation of the related genes in human JAK/STAT signaling pathway. Developmental and Comparative Immunology. DOI: 10.1016/j.dci.2016.06.010
8. Liu R, Qiu L.M, Zhao X, et al. (2016). Variation analysis of pathogenic Vibrio spp. and Pseudomonas spp. in Changhai mollusc farming waters using real-time PCR assay during 2011-2014. Marine Biology Research. DOI: 10.1080/17451000.2015.1099679
9. Liu R, Wang L.L, Sun Y, et al. (2014). A low-density lipoprotein receptor-related protein (LRP)-like molecule identified from Chlamys farreri participated in immune response against bacterial infection. Fish & Shellfish Immunology. DOI: 10.1016/j.fsi.2013.11.017
10. Liu R, Qiu L.M, Yu Z.A, et al. (2013). Identification and characterisation of pathogenic Vibrio splendidus from Yesso scallop (Patinopecten yessoensis) cultured in a low temperature environment. Journal of Invertebrate Pathology. DOI: 10.1016/j.jip.2013.07.005