近海网的优势学科方向主要集中在多重胁迫下近海生态系统的结构与功能的长期变化以及由此引发的近海生态系统失衡、关键控制过程以及应对措施。针对河口、海湾、近海和岛礁等不同的生态系统类型，近海网的优势学科方向和学科增长点如下：

河口类型的优势学科方向主要基于我国的黄河和长江两大河口，具体包括河口生物生产过程和环境驱动效应；河口生态和环境长期演变机制；人类活动影响下的河口生态系统响应机制；河口生态灾害发生机理和生态安全。而黄河口的湿地非常发育，又蕴含了陆海相互作用下湿地物质运移及动力学机制，滨海湿地生物地球化学过程和稳定性驱动机制，退化滨海湿地生态修复和资源可持续利用。

相对应的学科增长点为：

1) 河口区生态环境灾害多发机理与防控对策；

2) 多重胁迫下河口区生态环境长期演变趋势与生态效应；

3) 河口区生物资源持续产出机理；

4）河口区退化生境修复生态学机理。

海湾类型覆盖温带、亚热带、热带三种气候带海湾，由于海湾是城市化、港口运输、旅游和养殖等人类活动集中地区域，因此受海岸带开发和都市化影响明显，其优势学科方向包括海湾及其邻近海域生态系统结构与功能的动态变化及其驱动因子；陆源物质排放的生态效应、生态安全和水产品安全，如海洋酸化、低氧形成机制及生态效应等；海洋生物活性物质及其化学生态学；维持海湾生态系统健康发展的理论基础与技术、方法的系统集成和海湾海洋生物资源保护及可持续利用研究。

相对应的学科增长点为：

1）海湾生态灾害与风险评估

2）全球气候与环境变化下海湾生态系统健康综合示范

3）温带-亚热带-热带海湾类型的海洋新品种推广应用

近海类型的优势学科则聚焦于开阔海域、广阔的陆架区的环境响应研究，包括黄、东海域海洋动力环境多时间尺度变化特征和机理，开阔海域的生物地球化学过程、生态动力过程之间的耦合作用，我国近海海洋物质通量、初级生产力及生物资源变动之间的关系研究。

相对应的学科增长点为：

1）人类活动对远离海岸带-近海区域的影响评估

2）近海海洋动力学与生态效应的耦合机制

3）基于海洋环境要素的中小尺度的气候预测模式

岛礁类型的优势学科为基于南海北部深水海盆和岛礁特殊环境类型所形成的南海海洋动力过程与海气相互作用、南海西边界流动力过程；南海岛礁的生物地球化学与岛礁生态系统生态学。

相对应的学科增长点为：

1）南海海洋与天气系统多维度预报模型

2）南海中尺度涡和内波活动特征研究

3）岛礁生态工程、生态安全、风险与评估

4）岛礁海洋生物资源利用与可持续发展。